Początki Specjalności Filozofii Bytu, Boga i Religii sięgają roku 1954, gdy została powołana do życia Akademia Teologii Katolickiej w Warszawie. Na powstałym wówczas Wydziale Filozofii Chrześcijańskiej utworzono m.in. Katedrę Ontologii i Logiki oraz Katedrę Filozofii Religii. W roku akad. 1956/57 przeprowadzono reorganizację katedr, która objęła również Katedrę Ontologii i Logiki, przemienioną wówczas na Katedrę Ontologii i Teodycei. Lata 1965/66 przyniosły kolejną reorganizację, w wyniku której z wyżej wymienionych katedr utworzono Specjalność Filozofii Bytu, Boga i Religii. W skład specjalności wchodziły wówczas dwie katedry: Katedra Filozofii Bytu (czyli dawna Katedra Ontologii) i Teodycei oraz Katedra Filozofii Religii. W 1972 z Katedry Filozofii Bytu i Teodycei utworzono dwie katedry: Katedrę Filozofii Bytu i Katedrę Filozofii Boga. W roku 1991 Katedrę Filozofii Boga i Katedrę Filozofii Religii połączono w jedną, tzn. w Katedrę Filozofii Boga i Religii.Ostatecznie więc wytworzyła się istniejąca do dzisiaj jedna Specjalność Filozofii Bytu, Boga i Religii.

W początkowych latach istnienia katedr przeżywano trudności kadrowe przede wszystkim ze względu na brak samodzielnych pracowników naukowych. Zatrudnieni w nich byli jedynie młodsi i starsi asystenci lub adiunkci. Pierwszym kierownikiem Katedry Ontologii i Logiki został mianowany w roku 1955 zastępca profesora ks. dr Marceli Molski (ur. 1914, wyśw. 1940, dr teologii 1951 na UW). Natomiast kierownikiem Katedry Ontologii i Teodycei mianowano w 1957 r. ks. prof. Kazimierza Kłósaka (ur. 1911, wyśw. 1934, dr teol. 1945 na UJ, habil. 1954 tamże). Przy omawianej katedrze byli również zatrudnieni: ks. dr Wiesław Gawlik w charakterze adiunkta w latach 1955-58 (ur. 1923, wyśw. 1950, dr teol. 1951 UJ) oraz ks. mgr Józef Naruszewicz w charakterze asystenta w 1959 r. (ur. 1914, wyśw. 1951, dr fil. 1963 na ATK).

W 1961 r. zajęcia rozpoczął na Katedrze Filozofii Bytu i Teodycei ks. dr Bohdan Bejze i prowadził je do r. akad. 1963/64, tj. do czasu otrzymania sakry biskupiej. W roku 1972 podjął ponownie zajęcia etatowe i został zastępcą kierownika nowo utworzonej Katedry Filozofii Boga, a w r. 1973 jej kierownikiem. Gdy w r. 1991 utworzono jedną Katedrę Filozofii Boga i Religii objął jej kierownictwo. Zajęcia dydaktyczne prowadził do 30. IX. 1999 r. Od 1. X. 1964 r. przy Katedrze Ontologii i Teodycei został zaangażowany w charakterze st. asystenta ks. dr Edmund Morawiec , który od r. 1971 został kierownikiem Katedry Metafizyki. Katedra filozofii religii do 1967 nie była obsadzona. Zajęcia zlecone w tym zakresie prowadził ks. dr Marian Jaworski, a od roku 1971 otrzymał etat i został jej kierownikiem do r. 1974.